กรมเจ้าท่าออกประกาศตามที่ศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย (ศปมผ.) ดำเนินมาตรการป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงานและไร้การควบคุม หรือ ไอยูยู รวมถึงเพื่อเป็นการกำกับดูแลให้เป็นไปตาม พ.ร.บ.การเดินเรือในน่านน้ำไทย และ พ.ร.บ.เรือไทย โดยให้เจ้าของเรือหรือผู้รับมอบอำนาจ นำเรือพร้อมทะเบียนเรือมารายงานตัวที่ศูนย์ควบคุมการแจ้งเรือเข้า-ออก หรือ PI-PO ภายในวันที่ 22 เม.ย.2559 ก่อนเวลา 12.00 น. กรณีมีเหตุสุดวิสัยไม่สามารถนำเรือมารายงานได้ให้นำเอกสารมารายงานตัวได้เช่นกัน
ส่วนภาพรวมการแก้ปัญหาไอยูยูอี มีรายงานจากสำนักข่าวเอพี รายงานโดยอ้างแหล่งข่าวเจ้าหน้าที่ของคณะกรรมาธิการสหภาพยุโรป ด้านสิ่งแวดล้อม กิจการทางทะเล และการประมงของสหภาพยุโรป (อียู ) ระบุว่า ไทยจะยังคงได้รับสถานะใบเหลืองจากปัญหาไอยูยูต่อไป เนื่องจากยังไม่สามารถแก้ปัญหาอุตสาหกรรมประมงและแรงงานอย่างเพียงพอ
สำหรับกระแสข่าวกรณีนี้ พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ระบุว่า ขณะนี้ยังไม่ได้รับรายงาน แต่ยอมรับว่าไทยถูกตำหนิในบางเรื่องที่ดำเนินการไม่ตรงตามที่อียูต้องการ คิดว่าต้องแก้ไขปัญหาต่อไปและจะชี้แจงให้อียูรับทราบทุกเรื่องต่อไป นอกจากนี้มีรายงานว่ากลางเดือนพฤษภาคม 2559 นายอดิศร พร้อมเทพ อธิบดีกรมประมงคนใหม่ และคณะจะเดินทางไปชี้แจงกับอียูถึงความคืบหน้าในการแก้ไขปัญ โดยเฉพาะในประเด็นที่ยังไม่พอใจ
ด้านกระทรวงการต่างประเทศได้เผยแพร่แถลงการณ์ระบุว่า ไทยจะมุ่งมั่นแก้ปัญหาไอยูยูและตระหนักถึงความสำคัญของกระบวนการหารือกับอียู เพื่อให้คำแนะนำและร่วมกันแก้ไขปัญหา อันจะนำไปสู่การดำเนินการต่างๆในการขจัดการทำประมงผิดกฎหมายและการละเมิดสิทธิแรงงานในภาคประมงตามมาตรฐานสากล
ส่วนความคืบหน้าในการแก้ไขกฎหมายประมงของไทย หลังจากออก พ.ร.ก.ประมง พ.ศ. 2558 ต้องมีการออกกฎหมายรอง 92 ฉบับ ซึ่งขณะนี้มีการออกและประกาศใช้แล้ว 52 ฉบับ อยู่ระหว่างการดำเนินการอีก 39 ฉบับ การบังคับใช้กฎหมายมีการจับกุม 696 คดีและคดีสิ้นสุดแล้ว 39 คดี
ส่วนความคืบหน้าในการดำเนินการของ ศปมผ. พล.ร.ท.จุมพล ลุมพิกานนท์ โฆษก ศปมผ. เปิดเผยว่า ความคืบหน้าการแก้ไขปัญหาไอยูยูจาก 65 ข้อย่อยของอียู ประเมินว่า ขณะนี้สำเร็จไปแล้วกว่าร้อยละ 50 ซึ่งประเทศไทยมีความหลากหลายทางชีวภาพสูง ทำให้การแก้ไขปัญหาต่างๆค่อนข้างมีความซับซ้อนและต้องใช้เวลา
ส่วนอีกหนึ่งแนวทางในการแก้ปัญหาคือ การสร้างภาพลักษณ์ที่ดีของสินค้าประมงภายในประเทศ โดยวันที่ 23-24 เม.ย.2559 ศปมผ.จะร่วมกับกรมส่งเสริมการค้าระหว่างประเทศ กระทรวงพาณิชย์ นำสินค้าประมงและผู้ประกอบการไทยเข้าร่วมแสดงในงานซีฟู้ด แฟร์ ณ กรุงบรัสเซลส์ ประเทศเบลเยียม ซึ่งเป็นเมืองที่ตั้งของสำนักงานใหญ่อียู โดยคาดว่าจะช่วยให้อียูได้เห็นถึงภาพลักษณ์ที่ดีของสินค้าไทยอีกทางหนึ่ง