อีไอเอ ของโครงการนี้ระบุขอบเขตการศึกษา เฉพาะในพื้นที่ขออนุญาตเพิกถอนจากอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา จำนวน 4,734 ไร่ แบ่งเป็น ท่าเทียบเรือ ระยะที่ 1 จำนวน 473 ไร่ ท่าเทียบเรือ ระยะที่ 2-3 จำนวน 1,194 ไร่ ร่องน้ำเดินเรือและแอ่งกลับเรือ 2,224 ไร่ เขื่อนกั้นคลื่น 412 ไร่ สะพานรถยนต์และรถไฟ 431 ไร่
โดยในรายงานที่ระบุถึง “การศึกษาพื้นที่ท่าเทียบเรือน้ำลึกและพื้นที่สนับสนุนการปฏิบัติงานท่าเทียบเรือน้ำลึก” ระบุถึงการขุดร่องน้ำและแอ่งจอดเรือว่า ให้นำดินตะกอนจากการขุดลอกไปทิ้งทะเล ซึ่งจุดที่ทิ้งอยู่นอกเขตอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา และอุทยานแห่งชาติตะรุเตา มีพื้นที่กว้าง 15 ตารางกิโลเมตร ลักษณะพื้นท้องทะเลเป็นทรายปนโคลน และไม่พบปะการังบริเวณนี้
หรือแม้แต่ในส่วนของการศึกษา นิเวศวิทยาทางทะเล ที่มีการสำรวจปะการังธรรมชาติ ก็ระบุเช่นกันว่า บริเวณที่ทิ้งตะกอนของโครงการไม่พบปะการัง เช่นกัน ทั้งที่ความจริงบริเวณที่มีการนำตะกอนดินไปทิ้ง เป็นแหล่งปะการังที่มีชื่อเสียง ที่รู้จักกันในหมู่นักดำน้ำทั่วโลกคือ “กองหินขาว” ทำให้นักดำน้ำจำนวนมาก ลงไปบันทึกภาพและนำขึ้นมาเผยแพร่ในขณะนี้ เพื่อเรียกร้องให้มีการพิจารณาโครงการอนี้อีกครั้ง
อย่างไรก็ตามอีไอเอฉบับดังกล่าวก็ผ่านการพิจารณาจากคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ แล้ว ตั้งแต่วันที่ 16 มิถุนายน 2552
ต่อมาเครือข่ายประชาชนติดตามแผนพัฒนาจังหวัดสตูล ทำหนังสือถึงเลขาธิการสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม หรือ สผ. ซึ่งกำกับดูแลเรื่องการพิจารณาอีไอเอ ขอให้ดำเนินการในประเด็นสำคัญ คือ
1.โครงการท่าเทียบเรือน้ำลึกปากบารา เป็นโครงการที่เข้าข่าย 1 ใน 11 ประเภทโครงการ ที่มีผลกระทบต่อชุมชนและทรัพยากรอย่างรุนแรง ต้องศึกษาผลกระทบด้านสุขภาพ (HIA) ด้วย
2.อีไอเอที่ทำเสร็จแล้วนั้น พบว่าขัดแย้งกับข้อเท็จจริงในพื้นที่ โดยเฉพาะประเด็นแหล่งทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ในพื้นที่โครงการและใกล้เคียง, กระบวนการมีส่วนร่วมของประชาชน, และมาตรการแก้ไขผลกระทบ
สำหรับโครงการท่าเทียบเรือน้ำลึกปากบารา เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่ พ.ศ.2538 เมื่อรัฐบาลเห็นถึงศักยภาพที่จะพัฒนาพื้นที่บริเวณดังกล่าว เป็นศูนย์กลางการขนส่งสินค้าที่สำคัญ และการท่องเที่ยว จากนั้นกรมเจ้าท่าจึงว่าจ้างกลุ่มบริษัทเอกชนศึกษาความเหมาะสมทางเศรษฐกิจ วิศวกรรม และสิ่งแวดล้อม เพื่อก่อสร้างท่าเรือน้ำลึกบริเวณคลองบุโบย อำเภอละงู จังหวัดสตูล เมื่อ พ.ศ.2539 ผลการศึกษาพบว่า พื้นที่ดังกล่าวไม่เหมาะสม เนื่องจากต้องขุดลอกร่องน้ำในปริมาณมาก จึงพิจารณาหาพื้นที่แห่งอื่นแทน เพื่อลดค่าใช้จ่ายในการลงทุน
ต่อมาจึงได้มีการเสนอพื้นที่บริเวณปากคลองปากบารา และเกาะเขาใหญ่ อำเภอละงู จังหวัดสตูลแทน เนื่องจากมีเกาะกำบังคลื่นลมตามธรรมชาติ อยู่ใกล้แนวน้ำลึก ทำให้ประหยัดค่าใช้จ่ายในการขุดลอกร่องน้ำ
ปี 2546 ศึกษาทบทวนความเหมาะสมทางเศรษฐกิจ วิศวกรรม และสิ่งแวดล้อม อีกครั้ง และในปี 2548 มีการสำรวจออกแบบก่อสร้างท่าเรือ รวมถึงการเร่งรัดให้ก่อสร้างโครงสร้างพื้นฐาน เพื่อรองรับนิคมอุตสาหกรรม และคลังน้ำมันขนาดใหญ่ พร้อมทั้งระบบคมนาคมทางรางเพื่อเชื่อมต่อไปยังจังหวัดสงขลา ด้วยความคาดหวังของรัฐบาลจะให้เป็นศูนย์กลางการขนส่ง ขนถ่ายสินค้าทางทะเล จากฝั่งทะเลอันดามันเชื่อมโยงอาเซียน เอเชียใต้ และตะวันออกกลาง โดยขอให้คณะรัฐมนตรีมีมติยกเลิกพื้นที่กว่า 4,700 ไร่ ในอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา ด้วย