ตั้งแต่เดือน มิ.ย.2560 กองบังคับการป้องกันปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ (ปปป.) ส่งสำนวนคดีทุจริตเงินทอนวัด ตั้งแต่ล็อตที่ 1 ถึง ล็อตที่ 3 ให้ สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) พบมูลค่าความเสียหายกว่า 270 ล้านบาท
ล็อตที่ 1 ตรวจสอบพบทุจริตเงินทอน 12 วัด มีข้าราชการ พศ.และพลเรือนทุจริต 10 คน มูลค่าความเสียหาย 60 ล้านบาท มีการทอนเงินกลับมายังผู้บริหารระดับสูง พศ.ถึงร้อย 75 การตรวจสอบเงินทอน 12 วัด เกิดขึ้นเพราะพระครูใบฎีกา อนันต์ เขมานนฺโท เจ้าอาวาสวัดห้วยตะแกละ จ.เพชรบุรี ตัดสินใจร้องเรียน ปปป.และ สตง.หลังพบพิรุธข้าราชการ พศ.ทอนเงินสร้างพระอุโบสถกลับไปถึง 10 ล้านบาท และวัดได้รับเงินจริงเพียง 1 ล้านบาทเท่านั้น
ล็อตที่ 2 ตรวจสอบพบทุจริตเงินทอนวัดจำนวน 23 วัด และ 1 ใน 23 วัดยังพบว่า มีการทอนเงินกลับไปยังผู้บริหารระดับสูง พศ.มากสุดจำนวน 30 ล้านบาท น้อยสุดจำนวน 500,000 บาท วัดที่ได้รับความเสียหายในการทอนเงินวัดมากที่สุดส่วนใหญ่เป็นวัดในกรุงเทพมหานคร โดยมีข้าราชการ พศ.ทุจริต จำนวน 13 คน พระภิกษุสงฆ์ 4 รูป และพลเรือน 2 คน มูลค่าความเสียหาย 141 ล้านบาท
ล็อตที่ 3 ตรวจสอบพบทุจริตเงินทอนวัดเงิน 10 วัด เปิดเผยรายชื่อเพียง 3 วัด คือวันสระเกศราชวรมหาวิหาร วัดสัมพันธวงศาราม และวัดสามพระยา ข้าราชการ พศ.ที่ร่วมทุจริตยังเป็นกลุ่มเดียวกับล็อตที่ 1 ถึง 2 และล็อตที่ 3 นับเป็นการตรวจสอบพระเถระชั้นผู้ใหญ่ วัดดังในกรุงเทพมหานคร ถึง 5 รูป คือ พระพรหมดิลก เจ้าอาวาสวัดสามพระยา กรรมการมหาเถรสมาคม และเจ้าคณะกรุงเทพฯ
พระพรหมเมธี ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดสัมพันธวงศาราม กรรมการมส. และเจ้าคณะภาคที่ 4 -7 พระพรหมสิทธิ เจ้าอาวาสวัดสระเกศราชวรมหาวิหาร กรรมการมส. และเจ้าคณะภาค 10 และผู้ช่วยเจ้าอาวาส 2 รูป คือ พระเมธีสุทธิกร และพระวิจิตรธรรมาภรณ์ ผู้ช่วยวัดสระเกศฯ
พฤติการณ์ของพระชั้นผู้ใหญ่ ที่อาจเข้าข่ายทุจริต คือ ร่วมมือกับผู้บริหาร พศ.เขียนโครงการขอเงินอุดหนุนโรงเรียนพระปริยัติธรรมและเผยแพร่ศาสนา แต่นำเงินไปใช้ไม่ตรงตามวัตถุประสงค์ เช่น สร้างกุฏิ บางกรณีเปิดรับบริจาคเงินจากญาติโยม ส่งพระนักธรรมทูตไปต่างประเทศ ทั้งที่ได้รับเงินอุดหนุนไปแล้ว และยังพบว่าข้าราชการ พศ.แทบไม่ได้จับเงิน หรือ ส่วนแบ่งเงินทอนกลับมา แตกต่างจากล็อตที่ 1 และ ล็อตที่ 2
นายสุวพันธุ์ ตันยุวรรธนะ เป็นรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ระบุ การสอบสวนจะแยกออกเป็น 2 ส่วน คือส่วนสำนักพระพุทธศาสนาดำเนินการ และอีกส่วนคือ ป.ป.ช. ดำเนินการ และย้ำว่า หากพบข้าราชการเข้าไปเกี่ยวข้องจะต้องดำเนินการขั้นเด็ดขาด
นายสุวพันธุ์ กล่าวย้ำถึงการสอบสวนจะแยกส่วนกัน ระหว่างกระบวนการยุติธรรมและคณะสงฆ์ และยืนยันว่าจะต้องเป็นไปตามความถูกต้อง เป็นธรรม ตรงไปตรงมา และโปร่งใส โดยทุกอย่างต้องเป็นไปตามพยานหลักฐาน และกระบวนการยุติธรรม เพราะอีกบทบาทหนึ่งของรัฐบาล คือการส่งเสริมสนับสนุนให้ศาสนาเจริญรุ่งเรืองต่อไป
ขณะเดียวกัน พล.อ.ฉัตรชัย สาริกัลยะ รองนายกรัฐมนตรี ขอให้ทุกฝ่ายเชื่อมั่นในกระบวนการสอบข้อเท็จจริง และสอบสวนคดีทุจริตเงินทอนวัด คือคำกล่าวย้ำจากนายกรัฐมนตรี เพราะรัฐบาลเห็นตรงกันว่า เรื่องนี้เป็นเรื่องละเอียดอ่อน ซึ่งต้องดำเนินการอย่างรอบคอบและรอบด้าน เพื่อให้ได้มาซึ่งข้อเท็จจริง และไม่ให้ส่งผลกระทบกับสภาพจิตใจของประชาชน ทั้งนี้ในฐานะรองนายกรัฐมนตรี ด้านสังคม ได้กำชับ-สั่งการไปยังนายสุวพันธุ์ ในการกำกับดูแลสำนักพระพุทธศาสนา ให้ดำเนินการตามนโยบายของนายกรัฐมนตรี และมั่นใจว่าผลออกมาชัดเจนอย่างไร ประชาชนคนไทยที่นับถือศาสนาพุทธ คงจะเข้าใจด้วย