การเข้าใช้ประโยชน์ในพื้นที่ชุ่มน้ำเพื่อสร้างเป็นศูนย์ราชการ หรือ สถาบันการศึกษาขนาดใหญ่ ที่เกิดขึ้นในหลายจังหวัดถูกนำมาเป็นตัวอย่างหนึ่งของสาเหตุการคุกคามพื้นที่ชุ่มน้ำในช่วงกว่าสิบปีที่ผ่านมา จนระบบนิเวศน์เสื่อมโทรม และ เป็นผลให้อุทกภัยมีความรุนแรงมากขึ้น
นางสุธารา ยินดีรส นักวิเคราะห์นโยบายและแผนการใช้ที่ดิน กรมพัฒนาที่ดิน ระบุว่า เกิดจากปัญหาการจัดหาที่ดิน และความรู้เท่าไม่ถึงการณ์ของหน่วยงานรัฐที่มองว่า พื้นที่ชุ่มน้ำเป็นพื้นที่รกร้างว่างเปล่า จึงขอเข้าไปใช้ประโยชน์โดยไม่ได้คำนึงถึงผลกระทบและความสำคัญของพื้นที่ชุ่มน้ำ
นอกจากนี้นโยบายของรัฐมีส่วนต่อการคุกคาม เช่น นโยบายเพิ่มพื้นที่ปลูกพืชพลังงานอย่างปาล์มน้ำมัน ด้วยการใช้พื้นที่พรุของหลายจังหวัด หรือ นโยบายหนึ่งจังหวัดหนึ่งพุทธมณฑลของสำนักงานพุทธศาสนาที่ต้องการใช้พื้นที่ชุ่มน้ำในการก่อสร้าง นักวิชาการจึงเสนอว่า ควรเร่งสร้างความรู้ความเข้าใจ ถึงคุณค่าของพื้นที่ชุ่มน้ำ โดยเฉพาะประโยชน์ด้านอุทกวิทยาที่ช่วยกักเก็บน้ำทั้งบนดินและใต้ดิน และ ช่วยชะลอการไหลของน้ำในฤดูน้ำหลากได้
และยังพบว่า พื้นที่ชุ่มน้ำที่ได้รับการขึ้นทะเบียนให้เป็นพื้นที่ชุ่มน้ำที่มีความสำคัญระดับโลก หรือ แรมซาร์ไซต์ทั้ง 12 แห่งของไทย มีแนวโน้มการคุกคามลดลงเพราะชุมชนเห็นค่าความสำคัญมากขึ้น