วันที่ 16 พ.ค.2559 พล.อ.ไพบูลย์ คุ้มฉายา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรม กล่าวภายหลังการประชุมคณะรัฐมนตรีว่า ที่ประชุมครม.ได้พิจารณาเกี่ยวกับการดำเนินการจ่ายค่าเสียหายในโครงการก่อสร้างบ่อบำบัดน้ำเสีย ต.คลองด่าน อ.บางบ่อ จ.สมุทรปราการ โดยที่ประชุม ครม.มีมติรับทราบผลการพิพากษาของศาลชั้นต้นเมื่อเดือน ธ.ค. 58 รับทราบมติสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน (ปปง.) ที่ใช้กฎหมายการเงินอายัดทรัพย์สินในการเรียกร้องหนี้ตามข้อตกลงระหว่างกรมควบคุมมลพิษกับกิจการร่วมค้าหรือเอ็นวีพีเอสเคจี และมีมติให้กระทรวงการคลังดำเนินการใช้สิทธิ์ต่อศาลปกครองให้หยิบยกคดีมาพิจารณาใหม่ พร้อมทั้งให้ศูนย์อำนวยการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ เป็นศูนย์กลางและเป็นผู้รวบรวมข้อมูลทั้งหมดเสนอคณะทำงานของนายกฯ
พล.ต.สรรเสริญ แก้วกำเนิด โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี กล่าวว่า ในที่ประชุมคณะรัฐมนตรี นายวิษณุ เครืองาม รองนายกรัฐมนตรี ได้ชี้แจงให้รับทราบมติของสำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน (ปปง.) ที่มีคำสั่งอายัดทรัพย์สินกลุ่มกิจการร่วมค้า หมายความว่าอายัดสิทธิ์ที่กลุ่มธุรกิจดังกล่าวจะเรียกเงินในงวดที่ 2 และงวดที่ 3 ที่กรมควบคุมมลพิษต้องชำระ เมื่อรับทราบคำสั่ง ปปง. แล้ว ครม.จึงเห็นชอบให้กรมควบคุมมลพิษชะลอการจ่ายเงินงวดที่ 2 และงวดที่ 3 รอให้กลุ่มกิจการร่วมค้ามาชี้แจงข้อเท็จจริงกับ ปปง. ภายใน 30 วัน ถ้าการชี้แจงรับฟังได้ชัดเจนก็จ่ายคืน แต่ถ้าข้อมูลไม่น่าเชื่อถือก็อายัดทรัพย์สิน นอกจากนี้ ครม.ยังเห็นชอบให้กระทรวงการคลัง ในฐานะหน่วยราชการและมีส่วนได้เสียไปร้องศาลปกครองให้พิจารณาคดีใหม่ เนื่องจากมีหลักฐานข้อมูลใหม่ จากคำตัดสินของศาลอาญาเมื่อวันที่ 17 ธ.ค. 2558 ที่ ป.ป.ช. เป็นโจทก์ยื่นฟ้อง โดยยืนยันว่า รัฐบาลไม่ได้เบี้ยวการจ่ายเงินที่ค้างชำระ แต่ไม่สามารถจ่ายได้เนื่องจากมีคำสั่ง ปปง. ซึ่งกฎหมายครอบคลุมและใหญ่กว่ามติ ครม.
ด้าน พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี กล่าวย้ำถึงคดีบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่านว่า รัฐบาลทำตามกฎหมายสำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน หากมีกรณีที่รัฐถูกฟ้องกลับและแพ้คดี ต้องเตรียมหาทางออกไว้ ซึ่งทุกฝ่ายจะต้องรับผิดชอบร่วมกัน โดยยืนยันว่ารัฐบาลดำเนินการเรื่องนี้ตามกระบวนการของกฎหมาย