ภายหลังการเสด็จสวรรคตของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช สื่อท้องถิ่นของอินโดนีเซีย ได้ร่วมแสดงความไว้อาลัยด้วยการเผยแพร่พระบรมฉายาลักษณ์พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเมื่อครั้งเสด็จพระราชดำเนินเยือนประเทศอินโดนีเซียอย่างเป็นทางการตามคำกราบบังคมทูลเชิญของนายซูการ์โน ประธานาธิบดีคนแรกของอินโดนีเซีย ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2503
พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถได้เสด็จพระราชดำเนินเยือนโรงเรียนนายร้อยบนเกาะชวา โดยสุลต่านฮาเมงกู บูโวโนที่ 9 แห่งเขตปกครองพิเศษยอร์กยาการ์ตา เฝ้าทูลละอองธุลีพระบาทรับเสด็จอย่างสมพระเกียรติ นอกจากนี้ยังเสด็จพระราชดำเนินไปทรงสักการะสิ่งศักดิ์สิทธิ์ที่มหาสถูปบุโรพุทโธ ซึ่งเป็นศาสนสถานของศาสนาพุทธนิกายมหายานและพระราชทานพระราชทรัพย์บำรุงมหาสถูปแห่งนี้
นอกจากการเสด็จพระราชดำเนินเยือนของพระราชวงศ์ไทยแล้วประธานาธิบดีอินโดนีเซียเองก็เดินทางเยือนประเทศไทยในฐานะพระราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชด้วยเช่นกัน ประธานาธิบดีซูการ์โนเดินทางเยือนประเทศไทยอย่างเป็นทางการในเดือนเมษายน พ.ศ.2504
ต่อมาในเดือนมีนาคม พ.ศ.2513 พล.อ.ซูฮาร์โต ประธานาธิบดีอินโดนีเซียและภริยาเดินทางเยือนประเทศไทยอย่างเป็นทางการ โดยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชและสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถเสด็จพระราชดำเนินไปทรงต้อนรับที่กองบัญชาการกองทัพอากาศ พร้อมทั้งพระราชทานเลี้ยงอาหารคํ่า ณ พระที่นั่งจักรีมหาปราสาทในพระบรมมหาราชวัง เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้นำอินโดนีเซียและภริยาในฐานะพระราชอาคันตุกะของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช
ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศไทยกับประเทศอินโดนีเซียเป็นไปอย่างราบรื่น นับตั้งแต่การสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตเมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ.2493 หรือเมื่อ 66 ปีก่อน โดยเฉพาะอย่างยิ่งในรัชสมัยของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช เนื่องจากรัฐบาลอินโดนีเซียยกย่องให้พระองค์เป็นมิตรที่ดีที่สุดของประเทศอินโดนีเซียนับตั้งแต่ยุคของอดีตประธานาธิบดีซูการ์โนเป็นต้นมา
