การบริหารจัดการน้ำ พื้นที่ กทม. ด้านตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา (ฝั่งพระนคร) มี 4 ประตูน้ำสำคัญ ที่ กรมชลฯ เป็นผู้บริหารจัดการ โดยมีข้อตกลงกับ กทม. มานานแล้ว ว่าจะบริหารจัดการอย่างไร
1. สถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำคลองเปรมใต้ (ติดคลองรังสิต)
ทำหน้าที่ควบคุมน้ำในคลองเปรมประชากร ด้านที่ไหลเข้า กทม. (ด้านใต้คลองรังสิต) ไม่ให้กระทบพื้นที่ กทม.
ช่วงฤดูฝน กรมชลฯ จะควบคุมระดับน้ำคลองเปรมประชากร
ด้านที่ไหลเข้า กทม. ให้สูงไม่เกิน +0.50 เมตร รทก.
ถ้าสูงเกิน + 0.50 เมตร รทก. ก็จะสูบย้อนไปลงคลองรังสิต แล้วระบายออกแม่น้ำเจ้าพระยา
2. สถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำคลองหกวา ตอนคลอง 13
ทำหน้าที่ควบคุมระดับน้ำคลองหกวา ไม่ให้กระทบพื้นที่ กทม.
ช่วงฤดูฝน กรมชลฯ จะควบคุมระดับน้ำคลองหกวา ด้านใน (ตั้งแต่คลองสอง ถึงคลอง 13 ) ไม่ให้เกิน +0.90 เมตร รทก.
และด้านนอก (ถัดจากคลอง 13 ไปยังพื้นที่ จ.นครนายก) ไม่ให้เกิน +1.70 เมตร รทก.
ถ้าระดับน้ำคลองหกวา ด้านใน เกิน +0.90 เมตร รทก. (ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อพื้นที่ กทม.) กรมชลฯ จะสูบน้ำระบายออกไปคลองหกวา ด้านนอก แต่ต้องไม่ทำให้ระดับน้ำด้านนอก เกิน +1.70 เมตร รทก. (เพื่อไม่ให้กระทบพื้นที่ด้านนอก)
3.สถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำคลองแสนแสบ ตอนหนองจอก
ทำหน้าที่ควบคุมระดับน้ำคลองแสนแสบ ไม่ให้ระทบพื้นที่ กทม.
โดยควบคุมระดับน้ำคลองแสนแสบ ในเขต กทม. ไม่ให้เกิน +0.90 เมตร รทก.
และนอกเขต กทม. (จ.ฉะเชิงเทรา) ไม่เกิน +1.30 เมตร รทก.
ถ้าระดับน้ำคลองแสนแสบ ในเขต กทม. สูงเกิน +0.90 เมตร รทก. (ซึ่งจะกระทบพื้นที่ กทม.) กรมชลฯ จะสูบน้ำระบายออกไปคลองแสนแสบ ด้านนอก กทม. แต่ต้องไม่ทำให้ระดับน้ำด้านนอก กทม. สูงเกิน +1.30 เมตร รทก. (เพื่อไม่ให้กระทบพื้นที่นอก กทม.)
4.สถานีสูบน้ำและประตูระบายน้ำคลองประเวศบุรีรมย์ ตอนคลองพระองค์เจ้าไชยานุชิต
ทำหน้าที่ควบคุมระดับน้ำคลองประเวศน์บุรีรมย์ ไม่ให้กระทบพื้นที่ กทม.
โดยควบคุมระดับน้ำด้านเข้า กทม. ไม่เกิน +0.50 เมตร รทก.
และนอก กทม.(จ.สมุทรปราการ) ไม่เกิน +0.75 เมตร รทก.
ถ้าระดับน้ำคลองประเวศฯ ด้านเข้า กทม. สูงเกิน +0.50 เมตร รทก. (ซึ่งจะกระทบพื้นที่ กทม.) กรมชลฯ จะสูบน้ำระบายออกไปคลองประเวศฯด้านนอก กทม. แต่ต้องไม่ทำให้ระดับน้ำด้านนอก กทม. เกิน +0.75 เมตร รทก. (เพื่อไม่ให้กระทบพื้นที่นอก กทม.)