หลังจากฟีฟ่าสั่งให้บริษัทสโมสรฟุตบอล พัทยา จำกัด ถอนฟ้องสมาคมฟุตบอลภายในวันที่ 24 มิถุนายน ฝั่งตรงข้ามสมาคมฟุตบอลได้มีการตั้งข้อสังเกตถึงหนังสือฟีฟ่าที่เผยแพร่ออกมาตามสื่อว่าอาจจะเป็นการปลอมแปลงหนังสือ เพราะไม่มีการประทับตราวันที่รับหนังสือ ซึ่งนายวรวีร์ มะกูดี ได้ชี้แจงว่าสาเหตุที่ไม่มีการระบุวันที่ เพราะเป็นหนังสือที่ฟีฟ่าส่งมาทางอีเมล์ให้สมาคม ส่วนหนังสือตัวจริงมีการลงวันที่รับหนังสือในวันที่ 17 มิถุนายน
การที่ฟีฟ่าเตรียมพักการเป็นสมาชิกแบบไม่มีกำหนดของสมาคมฟุตบอล ผลกระทบที่จะตามมาคือไม่สามารถเข้าร่วมกิจกรรมที่ฟีฟ่า และ AFC รับรอง และการติดต่อในระดับนานาชาติซึ่งอาจจะรวมไปถึงการลงเตะกระชับมิตรของ 4 ทีมยักษ์ใหญ่ที่จะมาเมืองไทยด้วย
ขั้นตอนแรกของการดำเนินการหลังจากนี้ต้องรอให้บริษัทสโมสรฟุตบอล พัทยา จำกัด ถอนฟ้องสมาคมฟุตบอล จากนั้นสมาคมจะดำเนินการจัดประชุมใหญ่วิสามัญ เพื่อขอมติในการรับรองธรรมนูญฟีฟ่า แต่ถ้าหากไม่มีการถอนฟ้อง สมาคมฟุตบอลจะต้องทำเรื่องชี้แจงไปถึงฟีฟ่าอีกรอบอธิบายขั้นตอนการดำเนินงานของสมาคมฟุตบอล และหากไม่ปฏิบัติตามขั้นตอนที่ฟีฟ่ากำหนดให้ถอนฟ้อง และจัดการเลือกตั้งภายใน 30 กันยายนภายใต้ธรรมนูญฟีฟ่า จะมีการตั้งคณะกรรมการฉุกเฉินโดยมีเซปป์ แบล็ตเตอร์ เป็นประธานเพื่อกำหนดมาตรการลงโทษสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย
นอกจากนั้น นายวรวีร์ยังได้ชี้แจงถึงกรณีที่นายกนกพันธุ์ จุลเกษม ผู้ว่าการการกีฬาแห่งประเทศไทย ที่เคยให้สัมภาษณ์ว่า สมาคมฟุตบอลจะต้องจัดการเลือกตั้งภายในวันที่ 16 กรกฎาคม ตามกฎหมาย ซึ่งนายวรวีร์อ้างว่าแม้ในข้อบังคับสมาคมฟุตบอลจะที่กำหนดเอาไว้ให้เลือกตั้งภายใน 30 วันนับจากหมดวาระ แต่ใน พ.ร.บ.2528 ให้อำนาจสภากรรมการรักษาการไปจนกว่าจะมีสภากรรมการชุดใหม่เข้ามาบริหาร